Jurusan Pendidikan Biologi bermula dari kursus B1 dan B2 Ilmu Pasti dan Alam yang diselenggarakan oleh Fakultas Ilmu Pasti dan Alam (FIPA) Universitas Gadjah Mada (UGM). Pada tanggal 1 Agustus 1960 dibuka Jurusan Pendidikan Ilmu Hayat Fakultas Pedagogi UGM yang selanjutnya pada tanggal 1 Januari 1962 masuk ke FKIP-B UGM. Mulai 21 Mei 1964 status FKIP-B UGM berubah menjadi FKIE IKIP Yogyakarta dan terlepas dari UGM dan selanjutnya menjadi Jurusan Pendidikan Biologi (Jurdik Biologi).
Jurusan Pendidikan Biologi memiliki dua Program Studi (Prodi), yaitu Prodi Pendidikan Biologi dan Prodi Biologi. Mulai tahun akademik 2014 jurusan menggunakan kurikulum 2014 yang disusun berdasar visi, misi, tujuan, dan sasaran prodi dan telah memperhatikan kebutuhan stakeholders, mempertimbangkan masukan dari dosen, mahasiswa, alumni, pengguna lulusan, memperhatikan evaluasi pelaksanaan kurikulum sebellumnya.
Visi jurusan Pendidikan Biologi adalah: Sampai dengan 2025 Jurusan Pendidikan Biologi menjadi institusi pendidikan yang dikenal secara Sarjana Pendidikan Biologi dan Sarjana Biologi yang bertaqwa pada Tuhan Yang Maha Esa, professional, dan berwawasan global. Menggunakan dana yang ada, telah diupayakan peningkatan kualitas, relevansi, dan life skills mahasiswa. Upaya tersebut meliputi: (1) peningkatan keterampilan mahasiswa dalam pengembangan bidang biologi dan bioteknologi untuk meningkatkan kompetensinya melalui penyediaan alat-alat laboratorium yang memadai dan mengadakan studi lapangan; (2) peningkatan kemampuan berbahasa inggris dosen dan mahasiswa melalui kegiatan pelatihan bahasa unggri, latihan tes toefl-like; (3)peningkatan kemandirian belajar mahasiswa melalui pengembangan berbagai model perkuliahan baik yang bersfat induktif, deduktif, dan inkuiri.